Para as ciências naturais, a dificuldade de definir o que seja "homem" consiste em escolher entre dois pontos de vista: o da estrutura anatômica e o que se refere às faculdades reflexivas. No primeiro caso, o homem encontrar-se-ia imerso em sua animalidade; no segundo, estaria pairando sobre o mundo, isolado da natureza. Uma definição mais abrangente e completa de homem deveria levar em conta, portanto, tudo o que nele seja suscetível de constatação positiva, isto é, além da conformação anatômica, é preciso considerar a faculdade de pensar. Dessa dupla abordagem se depreende a originalidade do fenômeno humano.
O mais exterior dos caracteres humanos é sua tênue diferenciação morfológica, dada por especializações anatômicas (a face menor que o crânio, a postura vertical etc.) e fisiológicas (o desamparo em que se encontra o ser humano nos primeiros meses de vida, a sexualidade aperiódica etc.). Mesmo assim, dentro dos critérios adotados pela biologia para classificar os seres vivos, pode-se dizer que, por sua estrutura orgânica, o homem não pode aspirar senão a um lugar modesto na taxionomia animal: ele pertence ao subfilo dos vertebrados, à ordem dos primatas e a uma família formada por um único gênero, Homo. Mas outra característica zoológica do homem evidencia prontamente sua originalidade: a capacidade de expansão e conquista. Apesar da homogeneidade do grupo humano, o homem conquistou em relação ao conjunto do globo um sucesso vital sem precedentes, que se explica, pelo menos em parte, pela aparição, com o homem, de uma nova fase na história da vida: o uso de instrumentos artificiais, mais uma característica do fenômeno humano.
As tentativas de inserir o homem dentro da ordem dos primatas não primam pela precisão, uma vez que as diferenças de detalhes são complexas e controversas. O tamanho, e mais ainda, a complexidade do cérebro humano em relação ao dos primatas não-humanos constitui o principal ponto de diferenciação anatômica. A postura ereta é também um aspecto importante. Outras características anatômicas que distinguem o homem dos outros primatas, seja dos macacos antropóides, seja dos primatas inferiores, além do tamanho absoluto e relativo do cérebro, são: o pé, que serve de suporte e não é preênsil; o primeiro dedo do pé, que não é oponível; os maxilares, de tamanho reduzido e pouco salientes; a ausência de caninos salientes e interpostos; curva lombar, bacia e pelve formadas ou modificadas para atender às funções de equilíbrio e suporte do corpo na posição ereta; membros inferiores hipertrofiados, adaptados para o andar bípede; membros superiores mais curtos e aperfeiçoados, com mãos grandes e preênseis, dotadas de dedos curtos e polegar oponível; nariz saliente com pontas e asas bem desenvolvidas; ausência completa de pêlos táteis ou tentáculos; escassez acentuada de pêlo secundário no corpo, exceto na cabeça, regiões axilares e púbica e no rosto dos adultos masculinos; e presença de lábios cheios, evertidos e membranosos.
